来自中国的隐球菌VGII分离株的分子流行病学和微生物学特征-厦门医学论文发表投稿

臧雪蕾，柯伟新，王丽芬，吴华，黄叶梅，邓恒宇，孟周，吴宁鑫，薛心英 ，沈定霞

出版日期： 2022年02月23日-厦门医学论文发表投稿

目录

抽象

隐球菌（C.gattii）是一种真菌病原体，曾经在温哥华岛引起隐球菌病的爆发，并已在全球传播，而中国几乎没有数据可用。在这项研究中，有七种C的临床分离物。加提伊从19家医院采集VGII，进行多位点序列分型（MLST）分析和全基因组测序（WGS），结合已发表的数据进行系统发育分析。此外，还进行了体外抗真菌药敏试验、表型分析和体内毒力研究，随后进行了肺组织病理学分析。三.加提伊VGII感染患者主要是免疫功能正常的男性，其中大多数有中枢神经系统（CNS）受累的症状。MLST结果表明，来自中国的分离株表现出较高的遗传多样性，序列类型（ST）7是分离株中的主要ST。一些临床分离株显示出与来自澳大利亚和南美洲的菌株的密切系统发育关系。所有临床分离株均未显示抗真菌药物耐药性。此外，毒力因子（温度，黑色素产生和胶囊大小）与毒力之间没有相关性，而体内实验显示菌株之间的毒力存在显着差异。肺真菌负荷和肺组织损伤与毒力相关，以及小鼠肺组织的损伤程度可能突出毒力的差异。我们的工作旨在为C的分子流行病学，抗真菌敏感性和毒力差异提供有用的数据。加提伊VGII在中国。

作者简介

隐球菌是一种危及生命的真菌病原体，可以感染免疫功能正常的个体。三.gattii可以通过呼吸道侵入并扩散到大脑，导致脑膜脑炎甚至死亡。1999年，C.加提伊VGII发生在加拿大的温哥华岛，并在太平洋西北地区传播，引起了更多的关注。与其他国家相比，C.加提伊VGII在中国受到限制。为了更好地了解C的分子流行病学和微生物学特征。加提伊对来自中国的VGII分离株进行生物信息学分析以及体内和体外实验。多位点序列分型和全基因组测序揭示了分离株的遗传多样性以及与其他国家分离株的遗传关系。还研究了分离株的抗真菌药物敏感性和毒力差异。作者希望我们的工作能够为C的预防和控制提供有用的数据。加提伊VGII在中国并引起对C.的更多关注。加蒂。

引文： 臧晓， 柯伟， 王磊， 吴华， 黄燕， 邓海， 等 . （2022） 中国藏球菌VGII分离株的分子流行病学和微生物学特征.PLoS Negl Trop Dis 16（2）：e0010078。https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078

编辑 器： 卡洛斯·弗朗哥-帕雷德斯，墨西哥费德里科·戈麦斯公主医院，墨西哥

收到： 十二月 12， 2021;接受： 二月 1， 2022;发表： 二月 23， 2022

版权所有： ? 2022 臧等人。这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章，该许可允许在任何媒体上不受限制地使用，分发和复制，前提是注明原始作者和来源。

数据可用性： 所有数据均可从NCBI数据库获得。加入引用这些SRA数据：PRJNA721775（https://dataview.ncbi.nlm.nih.gov/object/PRJNA721775?reviewer=6tk2462mpmrsb8kfnht6e508nv）。

资金： 本研究得到了国家重点研发计划（XY.X， 2021YFC2302100）， 北京市自然科学基金（XY.X、7192088）、北京优秀人才"青年顶尖个人"（XY.X， 2019YXBJ1），Capital的健康改善和研究基金（XY.X，2020-2Z-2086），北京市医院管理局临床医学发展专项资助（XY.X， XMLX202115）.资助者在研究设计，数据收集和分析，出版决定或手稿准备方面没有任何作用。

相互竞争的利益： 作者宣布不存在相互竞争的利益。

介绍

C. gattii是一种特异性致病真菌，可感染免疫功能正常的个体[1，2]。它不仅可以侵入呼吸道并引起肺部疾病，还可以扩散到其他器官，特别是中枢神经系统，导致脑膜炎甚至死亡[3，4]。1999年，温哥华岛爆发了由C.加蒂并传播到美国的太平洋西北地区（PNW）[5，6]。随后，C.六大洲报告了加蒂感染。

使用国际人类和动物真菌学会共识MLST方案，C。gattii目前分为四种不同的亚型：VGI，VGII，VGIII和VGIV[7]。MLST显示，疫情主要由VGII基因型（包括VGIIa的主要克隆亚群和VGIIb的次要克隆亚群）引起[6]。WGS显示，澳大利亚是VGIIb亚型的起源，而南美洲是VGIIa亚型的起源[8]。C的遗传变异。加提伊VGII表现出毒力的差异，其临床表现也随毒力而变化。目前的知识支持VGIIa的毒力比VGIIb的毒力更强[9]。我们发现，VGIIb在男性患者中的感染力高于VGIIa[5]。此外，VGIIa更容易感染肺部，而VGIIb更容易感染CNS[6]。

与 C 类似。新形式，在37°C下生长的能力，胶囊大小和黑色素的产生被认为是C的三个经典毒力因子。加蒂。37°C时的适应性和生存能力是C的关键毒力因子。gattii，它显示了菌株感染宿主的能力。缺乏耐热性限制了它们引起宿主感染以及引起疾病的能力[10]。其胶囊不仅抑制宿主吞噬细胞的吞噬作用，而且还抑制树突状细胞成熟并掩盖抗原识别[11]。黑色素是一种活性氧（ROS）清道夫，可保护真菌病原体免受宿主免疫反应的影响[12]。2008年，第一例C.加提伊中国报告了VGII感染[13]，其次是其他省份[14-19]。虽然，这些数据来自单中心回顾性研究，但没有关于C的系统研究报告。加提伊VGII在中国。因此，C.加提伊从19家医院收集VGII，分析菌株之间的遗传关系。进行体外和体内实验以表征C的毒力差异。加提伊VGII 隔离。最后，筛选可能的毒力因子以解释分离株之间毒力的差异。

方法

道德声明

该研究是根据《赫尔辛基宣言》的指导方针进行的，并得到了北京世纪坛医院动物实验伦理委员会的批准。该研究还获得了北京世纪坛医院伦理委员会的批准，所有参与者都提供了书面知情同意书。（协议代码 sjtky11-1x-2020 （20））

临床分离物和患者

共7株C。收集了gattii，其中所有分离物都被鉴定为C。加提伊VGII通过分子分型进行URA5-RFLP分析[20]。收集7种临床分离株感染患者的临床数据。记录了人口统计数据，免疫状态，临床症状和其他细节。

分离株的 DNA 提取和测序

打破C的细胞壁。使用液氮研磨，并通过CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）方法提取所有分离物的DNA[21]。通过Illumina HiSeq X Ten平台通过150 bp配对端测序对分离株的DNA进行测序。

MLST系统发育分析

如先前的研究[22]所述，对7个未连接的遗传位点（CAP59，GPD1，IGS1，LAC1，PLB1，SOD1和URA5）进行了独立扩增和测序。通过将序列与MLST数据库（http://mlst.mycologylab.org/）进行比较来确定所鉴定的临床分离株的ST，并且还从MLST数据库下载了参考MLST序列。此外，我们检索了PubMed中的所有相关出版物，以收集另外16种C菌株。加提伊VGII信息在中国报道。最后，使用RAxML 8.2.12[23]基于所有序列构建了最大似然树。

单核苷酸多态性（SNP）变异的检测及WGS系统发育分析

7个临床分离株由WGS进行，另外117个WGS数据从BioProject PRJNA244927收集。每个Illumina数据通过bwa-mem2 [24]与VGII参考基因组R265对齐，并通过fastp 0.20.0[25]去除适配器。为了调用变体，Picard工具（http://picard.sourceforge.net）AddOrReplaceReadGroups和MarkDuplicates用于预处理，其次是GATK HaplotypeCaller 4.1.8.1 [26]。如果SNP在所有样品中均为纯合子并通过GATK推荐的硬过滤标准，则保留SNP，然后通过RAxML 8.2.12 [23]构建具有1000个自举复制的系统发育树，最终的系统发育树由iTOL 6可视化[27]。

抗真菌药敏试验

使用Sensititre YeastOne肉汤微稀释系统（美国赛默飞世尔科技）对六种抗真菌药物氟康唑（FCZ），伏立康唑（VCZ），伊曲康唑（ICZ），泊沙康唑（POS），两性霉素B（AMB）和5-氟胞嘧啶（5-FC）进行抗真菌药敏试验。按照说明进行抗真菌敏感性测试。由于C没有临床断点（CPP）。gattii，我们使用流行病学临界值（ECV）作为VGII的参考值，FCZ：32mg / L;VCZ： 0.25毫克/升;ICZ： 0.5毫克/升;POS： 0.5毫克/升;磁力轴承：1毫克/升;5-FC：8毫克/升。

毒性相关表型检测

将所有临床分离物置于酵母提取物 - 蛋白胨葡萄糖（YPD）培养基中，并在30°C下培养过夜。 用无菌盐水洗涤细胞两次，以4000rpm离心2分钟，弃去上清液。菌株均勻调整至5×107细胞/毫升通过在血细胞计数器上计数细胞，梯度稀释至107细胞/毫升， 2×106细胞/毫升， 4×105细胞/毫升， 8×104细胞/毫升，和1.6×104细胞/毫升，然后进行以下测定。

在37°C下生长的能力：将细胞（每个浓度的3μl）分别接种到基于琼脂的YPD培养基上，并在30°C，37°C和39°C下培养三天以观察不同温度下的生长。

黑色素的产生：对于黑色素生产测定，使用含有L-3，4-二羟基苯丙氨酸（L-DOPA）的最小培养基诱导黑色素。将细胞（每个浓度3μl）分别在含有L-DOPA的最小培养基上在30°C下培养3天，并拍摄黑色素产生照片[12]。

胶囊大小：使用上一篇文章中描述的方法测量分离菌株的胶囊直径[28]，将细胞在30°C下孵育，用印度墨水染色，并使用卡尔蔡司显微镜获取图像。最后，使用细胞测量软件手动测量胶囊直径（Zen 2011）。

体内小鼠吸入模型-厦门医学论文发表投稿

选择所有临床分离株和参比菌株（R265和R272）进行毒力测定。将菌株在37°C下在YPD培养基中培养过夜，离心后，用无菌盐水洗涤两次，并将细胞的最终浓度调节至2×106使用8-10周龄的雌性C57BL /6小鼠，并用10%水合氯醛麻醉，将50μl真菌悬浮液缓慢滴入每只小鼠的鼻腔中[29]。

每组10只小鼠进行生存测试。每天观察小鼠死亡情况并连续观察90天，记录小鼠死亡情况。-厦门医学论文发表投稿

每组5只小鼠进行真菌负荷测试，小鼠在感染后14天被安乐死。解剖后，将肺和脑分别置于含有4mlPBS的15ml离心管中。将组织粉碎并在生物安全柜中均质化，然后连续稀释（10次）组织悬浮液并铺展在YPD板上。在30°C下培养，两天后计数菌落形成单位（CFU）。

每组四只小鼠用于病理学研究，感染不同菌株的小鼠在14天或表现出健康状况不佳的迹象时被安乐死。所有幸存的小鼠在实验结束时（90天）都接受了安乐死。解剖后，将肺组织固定在福尔马林中，嵌入石蜡中，并用苏木精溶液和曙红染料（H&E）切片，染色切片，然后脱水并用中性口香糖密封。最后，用显微镜观察检查，图像采集和分析。

统计分析

所有数据均使用SPSS软件（版本19.0;IBM Corp.， Armonk， NY USA）并采用描述性统计方法总结了患者的临床特征。两组之间的连续变量通过Manne Whitney U检验。p值为0.05被认为是显著的。使用 GraphPad Prism 版本 8.0（美国加利福尼亚州拉霍亚）进行绘图。

结果

患者的人口统计学和临床特征

在这项研究中，从7例C中收集了临床信息。加提伊VGII患者（表 1）。所有患者均具有免疫功能正常，其中6例为男性，1例为女性。最年长的患者83岁，最小的40岁，平均年龄52.7岁。所有患者均被诊断为脑膜脑炎，常见的临床症状为头痛和发热。

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表 1. C.加提伊新浪网.

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.t001

用于系统发育分析的 MLST 和 WGS

我们通过MLST共识方案对分离株进行了基因型分析。在7种临床分离株中鉴定出5种ST，包括ST7（2株）（如R272，C的次要克隆。温哥华的gattii疫情）、ST21（1株）、ST44（2株）、ST173（1株）和ST126（1株）。为了更好地研究C的遗传关系。加提伊在中国，收集了迄今为止在中国报道的16个菌株，并将其组合起来构建了一棵系统发育树。结果表明，C组间遗传变异性较高。加提伊来自中国的VGII分离株，在23种菌株中鉴定出12种STs。ST7是最常见的ST（7/23），其次是ST44（3/23）。但在中国没有发现ST20（如R265，C的主要克隆。温哥华的gattii疫情）（图1）。

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图 1. 基于MLST的系统图显示了C之间的遗传关系。加提伊本研究中的VGII分离株和另外16株分离株报告[13-19]，以及两个克隆分离株（R265，R272）。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.g001

为了更好地理解C.之间的遗传关系。加提伊在中国和其他国家发现的VGII菌株。Illumina Hi-Seq平台用于临床分离株的全基因组测序，还收集了从数据库中发布的VGII菌株的WGS数据。R265作为外群构建系统发育树。我们发现，基于全基因组构建的系统发育树与基于MLST的系统发育树具有相似的聚类。VGII群体高度多样化，其中确定了35492个SNP。WGS结果显示，中国有两种VGIIb菌株（G10，G13），但没有VGIIa菌株。G1与美国和澳大利亚的菌株显示出密切的遗传关系，G14与来自委内瑞拉的菌株聚集在一起（图2）。

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图 2. 基于WGS的系统图显示了C.之间的遗传关系。加提伊VGII在本研究中分离，并从数据库中全局分离。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.g002

抗真菌药敏试验、临床治疗和预后

所有临床分离株均未显示抗真菌药物耐药性，最小抑制浓度（MIC）范围见表2。每种抗真菌药物菌株的MIC范围为：5-FC为1-2mg/l，POS为0.12-0.5mg/l，VCZ为0.12-0.25mg/l，ICZ为0.12–0.25mg/l，FCZ为0.25–4mg/l，AMB为16-32mg/l。诊断后，五名患者接受AmB + FCZ治疗，两名患者接受FCZ治疗。在随访期间，患者均活着，治疗后预后良好。

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表 2. 体外抗真菌药敏试验。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.t002-厦门医学论文发表投稿

三种毒力因子的体外研究

所有分离株均表现出与37°C相似的耐受性，生长良好，但在39°C时，菌株的生长表现出显着差异。与R265相比，只有菌株G17对高温的耐受性较差，而所有其他临床菌株表现出更高的耐高温性（图3A）。温哥华岛标准菌株的胶囊尺寸小于国内临床菌株。临床菌株具有不同的胶囊尺寸，最大的是G26，最小的是G6（图3B）。所有菌株都能够被诱导产生黑色素，但黑色素的生产能力在菌株之间是不同的，黑色素产生的最低是G6（图3C）。

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图 3.

（A）对在37°C和39°C下在基于琼脂的YPD培养基中生长的分离株进行目视分析，并在30°C下用L-DOPA在最小培养基中分离生长三天后产生黑色素。（二）C的形态学。加提伊VGII在光学显微镜下用印度墨水分离染色。（三）测量20个C细胞的胶囊大小。加提伊VGII 隔离。指示 SD 的误差线。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.g003

小鼠模型中的体内毒力研究

为了评估临床分离株的毒力差异，选择参考菌株和所有临床菌株来建立小鼠吸入模型。感染后14天，肺部CFU计数最高，其次是G1和R265，最低为R272，而CFU计数最高的是大脑中的G10，其次是G17，如图（4A和4B）所示。

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图 4. 体内小鼠吸入模型。

（A）（B）感染后14天，感染分离株的小鼠的肺和脑真菌负荷（每株5只小鼠）。（C）用分离株感染的小鼠的生存曲线（每个分离株中有10只小鼠）。（四）对毒力菌株（R265、G1、G10、G14）、毒力较小的菌株（R272、G13、G17、G26）进行分组，分析两组肺真菌负荷差异。指示 SD、*** < 0.001 的误差线。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.g004-厦门医学论文发表投稿

生存曲线显示，来自温哥华岛的R265是毒性最强的菌株，存活时间最短。每种临床菌株的存活时间不同，顺序如下：G14，G10，G1。G17和G13分别杀死了一只和两只小鼠，而R272和G26存活到实验结束，并且都被认为是毒性较小的菌株。相比之下，所有小鼠在实验结束时都没有被G6菌株杀死，因此既不能被视为毒性菌株，也不能被视为毒性较低的菌株（图4C）。结合生存曲线，我们发现毒力与脑真菌负荷没有显着相关性，但发现毒力与肺真菌负荷之间存在明显趋势。因此，将高毒力菌株（R265，G1，G10和G14）和毒性较小的菌株（R272，G13，G17和G26）分组，统计分析显示两组间肺真菌负荷差异显着（图4D）。

随后，对肺组织进行了组织病理学分析。有趣的是，肺组织损伤的程度在较强和毒性较小的菌株之间是不同的。在14 d时，毒性较小的菌株显示出正常的肺组织结构，而高毒性菌株显示出病理性损伤的开始，直到晚期可以在肺组织表面观察到明显的小米样水肿。H&E染色显示肺结构明显损伤和变化，大量不均匀的真菌细胞分散在肺泡腔内（图5）。我们认为，小鼠肺组织的破坏是导致死亡的主要因素。

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图 5. 感染后14天和实验结束后，分别用显微镜（×20，×100）捕获了病毒性菌株和低毒力菌株的小鼠肺部的H&E染色。

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010078.g005

讨论

在这项研究中，我们研究了C的临床特征。加提伊VGII在中国。根据以前的报告[30]，C.加提伊VGII更容易感染男性和免疫功能正常的患者。在这项研究中，与以往的PNW报告不同，大多数患者有中枢神经系统受累的症状[5，31]，大多数患者有肺炎症状。

C族间遗传多样性高。加提伊VGII在目前的研究中分离出6种不同的ST。最常见的ST是ST7，它广泛分布在世界其他地区，并已在加拿大、巴西、泰国和其他地方报道[6，29，32]。根据WGS的说法，澳大利亚可能是温哥华岛爆发的源头，这种克隆菌株通过桉树传播到世界其他地区[33]，而G10和G13与澳大利亚的克隆菌株（R272）密切相关。WGS系统发育树分析还支持G14和南美菌株之间的遗传关系，表明克隆菌株可能起源于南美洲。

唑类MIC在不同基因型之间差异，其中C的分离株。加提伊VGII 显示最高的几何平均值 [34]。临床分离株对FCZ的MICs相对较高，G6和G26达到32mg/l，这在世界上相对罕见[34]。有趣的是，G6和G26都属于ST44，这也为不同ST的不同抗真菌药敏模式提供了新的证据。

在体内实验中，来自温哥华岛的R265是毒性最强的菌株，比R272[8，9]和其他临床分离株更强。结合病理学，我们发现小鼠肺组织的损伤程度是显示毒力差异的重要标志，对肺组织的更强损伤显示菌株的毒力更大。肺组织的破坏能够显着改变肺泡气体交换特性，从而导致小鼠死亡，如先前的研究[35]。此外，菌株在肺中增殖的能力与毒力相关，可能是由于肺泡腔中真菌细胞的侵袭和大量增殖，导致肺组织结构的破坏。真菌细胞增殖可能产生一些损害肺组织的有害物质，其机制需要进一步研究。

我们对所有菌株进行了三种经典的毒力因子测定，发现所有临床分离株都能在37°C下生长良好，这表明菌株能够持续感染动物。然而，在39°C下生长的能力与毒力的差异无关，结果还表明，黑色素生产能力和胶囊大小与毒力也没有显示出相关性，如以前的研究[11]。这也表明，毒力是一个非常复杂的过程，菌株之间的单一表型很难完全反映菌株毒力的差异。

尽管如此，可用的菌株数量有限，因此很难完全反映C的患病率。加提伊VGII在中国，主要是由于许多实验室缺乏识别和分离隐球菌的意识和条件[36]。综上所述，本研究系统地研究了C. gattii VGII的遗传关系、抗真菌药物敏感性和毒力差异，为C. gattii VGII的防控提供了有用的数据。加提伊VGII在中国。

引用

1.Saijo T， Chen J， Chen SC， Rosen LB， Yi J， Sorrell TC， et al.抗粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子自身抗体是免疫功能正常患者中咽隐球菌感染中枢神经系统的危险因素。MBio.2014;5： e00912–14.下午：24643864

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索-厦门医学论文发表投稿

2.D'Souza CA， Kronstad JW， Taylor G， Warren R， Yuen M， Hu G， et al.隐球菌的基因组变异，一种免疫功能正常的宿主的新兴病原体。mBio.2011;8：e00342–10.pmid：21304167

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

3.Franco-Paredes C， Womack T， Bohlmeyer T， Sellers B， Hays A， Patel K， et al.治疗加蒂隐球菌脑膜脑炎。柳叶刀感染 Dis. 2015;15: 348–55.下午：25467646

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

4.Springer DJ，Chaturvedi V.预测隐球菌的全球发生率。2010年，16：14-20。pmid：20031037

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

5.Harris JR， Lockhart SR， Debess E， Marsden-Haug N， Goldoft M， Wohrle R， et al.美国的隐球菌：新发病原体感染的临床方面。克林感染 Dis. 2011;53: 1188–95.pmid：22016503

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

6.Galanis E， Macdougall L， Kidd S， Morshed M， British Columbia Cryptococcus gattii Working Group.加拿大不列颠哥伦比亚省加蒂隐球菌流行病学，1999-2007年。2010年，16：251–7。下午：20113555

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

7.Meyer W， Aanensen DM， Boekhout T， Cogliati M， Diaz MR， Esposto MC， et al.新隐球菌和隐球菌的共识多位点序列分型方案.医学真菌学. 2009;47：561–70.pmid：19462334

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

8.Billmyre RB， Croll D， Li W， Mieczkowski P， Carter DA， Cuomo CA， et al.高度重组的VGII隐球菌种群通过性宏观进化和无性微进化发展出克隆性爆发集群。mBio.2014;5： e01494–14.pmid：25073643

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

9.Ngamskulrungroj P， Serena C， Gilgado F， Malik R， Meyer W， et al.全球VGIIa分离株的毒力与温哥华岛主要致命的隐球菌爆发基因型相当。克林微生物感染。2010;17: 251–258.

查看文章谷歌学术搜索

10.Glazier VE， Panepinto JC.人类真菌病原体新型隐球菌的ER应激反应和宿主温度适应。毒性。2014;5:351–6.pmid：24253500

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

11.Grizante Bari?o PH，Tonani L，Cocio TA，Martinez R，Nascimento é，von Zeska Kress MR. 来自巴西东南部的新形式隐球菌/隐球菌物种复合临床分离株的分子分型，体外易感性和毒力。真菌 病。2020;63:1341–1351.下午：32869413

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

12.Lee D， Jang EH， Lee M， Kim SW， Lee Y， Lee KT， et al. 解开新型隐球菌中的黑色素生物合成和信号网络。mBio.2019;10：e02267–19.pmid：31575776

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

13.冯晓、姚志、任东、廖伟、吴娟.中国新型隐球菌和加蒂隐球菌分离株的基因型和交配型分析，主要来源于非HIV感染患者。FEMS 酵母研究 2008;8： 930–8.pmid：18671745

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

14.方磊， 张 PP， 王娟， 杨婧， 曲拓.2013年至2017年中国某大学医院隐球菌病的临床和微生物学特征。Braz J 感染 Dis. 2020;24：7–12.pmid：31870760

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

15.窦浩， 徐永昌， 王志明， 李TS.2007年至2013年中国新型隐球菌和加蒂隐球菌的分子流行病学，采用多位点序列分型和DiversiLab系统。Eur J Clin 微生物感染 Dis. 2015;34：753–62.pmid：25471194

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

16.吕国， 李宁， 叶明， 崔楚， 曹永康， 林毅， 等.隐球菌病在明显免疫功能正常的患者中。新浪网.2006;99:143–51.下午：16504989

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

17.吴思， 雷毅， 康明， 肖磊， 陈志霞.来自中国四川省的临床新型隐球菌和加蒂隐球菌分离物的分子表征。真菌 病。2015;58:280–7.pmid：25808662

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

18.李毅， 邹明， 尹军， 刘志， 卢斌. 中国某三级医院隐球菌性脑膜炎患者的微生物、流行病学及临床特征：6年回顾性分析.前部微生物。2020;11:1837.下午：32849436

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

19.[2] 黄超， 徐春， 陈明， 潘坤， 李晓， 王磊， 等. 广西广西新出现的隐球菌物种复合感染.PLoS Negl Trop Dis. 2020;14：e0008493.下午：32845884

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

20.Meyer W，Casta?eda A，Jackson S，Huynh M，Casta?eda E.伊比利亚美洲隐球菌新形式分离物的分子分型。2003年出现感染;9:189–195.下午：12603989

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

21.Pitkin JW， Panaccione DG， Walton JD.一种推定的环肽外排泵，由植物致病真菌Cochliobolus carbonum的TOXA基因编码。微生物学（阅读）。1996;142:1557–1565.pmid：8704997

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

22.Souto AC，Bonfietti LX，Ferreira-Paim K，Trilles L，Martins M，Ribeiro-Alves M等人.种群遗传分析揭示了巴西隐球菌VGII种群的高度遗传多样性，并将全球起源从亚马逊雨林转移到巴西东北部的半干旱沙漠。PLoS Negl Trop Dis. 2016;10：e0004885.pmid：27529479

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

23.Stamatakis A. RAxML版本8：用于大型系统发育分析和后分析的工具。生物信息学（英国牛津）。2014;30:1312–3.pmid：24451623

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

24.李华， 德宾.通过 Burrows-Wheeler 变换实现快速准确的短读对齐。生物信息学（英国牛津）。2009;25(14): 1754–60.pmid：19451168

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

25.陈姗，周勇，陈勇，顾建.法斯特普：超快一体化FASTQ预处理器。生物信息学（英国牛津）。2018;34：i884–i90.下午：30423086

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

26.McKenna A， Hanna M， Banks E， Sivachenko A， Cibulskis K， Kernytsky A， et al.基因组分析工具包：用于分析下一代DNA测序数据的MapReduce框架。基因组研究. 2010;20：1297–303.下午：20644199

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

27.Letunic I， Bork P. Interactive Tree Of Life （iTOL） v4： 最近的更新和新的发展。核酸研究。2019;47：W256–W9.pmid：30931475

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

28.Fernandes KE， Dwyer C， Campbell LT， Carter DA.在胶囊诱导条件下，隐球菌复合物中的物种在生长后在胶囊和细胞大小上有所不同。mSphere.2016;28：e00350–16.

查看文章谷歌学术搜索

29.Zhai B， Wozniak KL， Masso-Silva J， Upadhyay S， Hole C， Rivera， et al.暴露于菌丝突变体后，针对新型隐球菌的保护性炎症和细胞介导的免疫力的发展。mBio.2015;6： e01433–15.pmid：26443458

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

30.Maruyama FH， de Paula DAJ， Menezes IG， Favalessa OC， Hahn RC， de Almeida ADBPF， et al. 巴西马托格罗索州隐球菌物种复合体的遗传多样性。真菌病理学。2019;184:45–51.pmid：30627957

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

31.Lockhart SR， Iqbal N， Harris JR， Grossman NT， DeBess E， Wohrle R， et al.美国的隐球菌：人类和兽医分离株的基因型多样性。PLoS One.2013;8：e74737.下午：24019979

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

32.Kaocharoen S，Ngamskulrungroj P，Firacative C，Trilles L，Piyabongkarn D，Banlunara W.分子流行病学揭示了泰国隐球菌新formans/ C. gattii物种复合物分离物之间的遗传多样性。PLoS Negl Trop Dis.2013;7：e2297.下午：23861989

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

33.Fraser JA， Giles SS， Wenink EC， Geunes-Boyer SG， Wright JR， Diezmann S， et al.同配和温哥华岛隐球菌爆发的起源。自然界。2005;437:1360–4.pmid：16222245

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

34.Espinel-Ingroff A， Aller AI， Canton E， Casta?ón-Olivares LR， Chowdhary A， Cordoba S， et al.新型隐球菌-加蒂隐球菌物种复合体：氟康唑、伊曲康唑、泊沙康唑和伏立康唑野生型药敏终点分布和流行病学临界值的国际研究。抗菌剂化学。2012;56:5898–906.pmid：22948877

查看文章PubMed/NCBI谷歌学术搜索

35.Firacative C， Torres G， Meyer W， et al. 哥伦比亚隐球菌病流行区中隐球菌VGII的克隆扩散。J真菌（巴塞尔）。2019;5:32.

查看文章谷歌学术搜索

36.薛某， 吴华， 王坤， 曹军， 沈 D. 中国隐球菌隐球菌病.柳叶刀感染 Dis. 2015;15：1135–1136.下午：26461947

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