《MALDI-TOF质谱仪,用于识别来自塞内加尔的淡水蜗牛,包括血吸虫的中间宿主-医学论文发表》期刊简介
MALDI-TOF质谱仪,用于识别来自塞内加尔的淡水蜗牛,包括血吸虫的中间宿主-医学论文发表
· 法蒂玛·佐赫拉·哈姆利
· 法图·蒂亚姆
· 莫琳·拉罗什
· 阿达玛·赞·迪亚拉
· 苏莱曼·杜库雷,
· 爸爸穆哈马杜盖伊,
· 谢赫·比内图秋天,
· 巴巴卡尔·费伊
· 谢赫·索赫纳
· 杜杜母猪,
· 菲利普·帕罗拉发布时间: 2021年9月13日
抽象
生物淋巴利亚、布利纳斯和奥科梅拉尼亚的淡水蜗牛是导致人类血吸虫病的血吸虫病的中间宿主,血吸虫病是世界上最重要的传染病被忽视的疾病之一。淡水蜗牛的鉴定通常基于形态学和潜在的基于DNA的方法,但这些方法有许多缺点阻碍了它们的使用。MALDI-TOF MS彻底改变了临床微生物学,并在医学昆虫学领域崭现。本研究旨在评估MALDI-TOF MS分析,以便利用来自不同身体部位的蛋白质提取物来识别冷冻和乙醇储存的蜗牛物种。共有530个野外标本属于9个物种(生物安非他明、布利纳斯·福斯卡利、布利努斯·塞尼肯西斯、布利努斯·特伦卡图斯、布利纳斯·格洛博苏斯、贝拉米亚单色、克利奥帕特拉暴食、莱姆纳亚·纳塔伦西斯、梅拉诺德斯·布克库拉塔)和89个实验室饲养的标本,包括3个物种(Bi.菲费里,布.福斯卡利,布.特伦卡图斯)用于这项研究。对于冷冻蜗牛,127 个场的脚和 74 个实验室饲养的标本用于验证优化的 MALDI-TOF MS 协议。光谱分析产生了物种内部的可重复性和物种间特异性,从而正确识别了盲查询中的所有标本,日志评分值大于1.7。在第二步中,我们证明MALDI-TOF MS也可以使用特定的数据库(包括大量乙醇保存标本)使用从脚部提取的蛋白质来识别乙醇储存的蜗牛。这项研究首次表明,MALDI-TOF MS是快速识别冷冻和乙醇储存的淡水蜗牛的可靠工具,没有任何疾病学专业知识。
作者摘要
血吸虫病是一种寄生虫病,由血吸虫病属的血液偶然性引起。感染性宫颈由属于三个属的淡水蜗牛释放:生物甲基苯甲酸酯、布利纳斯和安科米拉尼亚。它是世界上被忽视最严重的传染病之一。蜗牛识别对于监测蜗牛种群和血吸虫病极为重要。目前,鉴定基于形态标准和分子生物学,这两者都存在一些缺点。许多研究报告了MALDI-TOF MS(一种基于蛋白质进行物种识别的技术)在许多领域作为可靠、快速和易于使用的工具的表现。我们研究的目的是创建蜗牛数据库,并评估马尔迪-TOF MS用于蜗牛识别的效率。研究表明,MALDI-TOF MS可以快速识别不同物种的冷冻和乙醇储存标本。这些结果支持在血吸虫病流行地区的流行病学研究中使用 MALDI-TOF MS。
引文:哈姆利 FZ、蒂亚姆 F、拉罗什 M、迪亚拉 AZ、杜库雷 S、盖伊 PM 等人 (2021) MALDI-TOF 质谱法,用于识别来自塞内加尔的淡水蜗牛,包括血吸虫的中间宿主。普洛斯·内格尔·特罗普迪斯 15 (9): e0009725.https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725
编辑:伊戈尔·阿尔梅达,美国得克萨斯大学埃尔帕索分校
接收:2020年11月18日:已接受:2021年8月12日:已发布:2021 年 9 月 13 日
版权所有:2021年?哈姆利利等人。这是根据《知识共享归因许可证》条款分发的开放访问文章,该条款允许在任何媒介中不受限制地使用、分发和复制,前提是原始作者和来源被记入贷记。
数据可用性:所有相关数据均在手稿及其支持信息文件中。蜗牛 MALDI-TOF MS 数据库可公开访问,可下载以下 DOI 编号:https://doi.org/10.35088/f605-3922。
资金:这项研究得到了国际大学感染研究所、国家研究机构"研究"方案的支持,参考了ANR-10-IAHU-03、阿祖尔普罗旺斯阿尔卑斯大学和欧洲联邦PRIMI基金。我们实验室蜗牛的实地工作和维护工作是在研究与发展研究所(IRD)的支持下进行的,该项目是通过"欧洲开发署(JEAI),ESBILH-SEN"项目进行的。FZH 获得了 IHU 梅迪特拉内感染的博士学位奖学金。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或准备手稿方面没有作用。
竞争利益:作者宣称不存在相互竞争的利益。
介绍
人类血吸虫病是由血吸虫病属血颤动引起的蜗牛传播的寄生虫病[1]。它被认为是世界上最重要的被忽视的热带疾病之一,因为它被列为仅次于疟疾的世界第二大地方寄生虫病[2]。全世界有近8亿人面临感染风险,约有2.5亿人受到影响,其中大多数在非洲,包括2 000万人患有严重感染。该病已在78个国家报告,并在52个中度至高传播的国家流行[5,6]。据估计,每年有超过280,000人死亡[7],尽管多年来作出了努力,但血吸虫病患者人数并没有显著减少[8]。
血吸虫病物种有一个复杂的生物周期。它包括淡水蜗牛属于属生物母体,布利纳斯和奥科梅拉尼亚作为中间宿主,其中三叶虫幼虫进行无性繁殖,人类作为确定宿主,其中性生殖发生[9]。最常见的致病物种是西斯托索马血氧乙酸,S.曼索尼和S.贾波尼库姆[6]。两者都是S.血氧体和S。曼索尼在非洲和中东被发现。在美洲,只有S.曼索尼被发现了血吸虫病在亚洲被发现,更具体地说,在菲律宾和中国[1]。血吸虫病的传播在很大程度上取决于中间蜗牛宿主的传播和水资源的农村发展。在中间宿主中,布利纳斯物种(布利纳斯物种)。特伦卡图斯,布.格洛博苏斯,布.塞尼森西斯,布.福斯卡利,布.马鲁宁西斯,布.非洲和布。热带)和生物甲基动物物种 (比.菲费里,比.乔安法拉,比.亚历山德里纳,比.苏丹尼卡)据报道,S的主要中间主机。血氧体和S。曼索尼分别在非洲[10]。生物甲基苯甲基苯甲基是唯一传播S的物种。曼索尼,而布。乌比里卡图斯,布.格洛博苏斯,布.塞内加尔和布。特伦卡图斯参与了S。血氧体传播[11,12] 。在塞内加尔,发现了两种血吸虫:导致肠道血吸虫病的S.曼索尼和S.血吸虫,被称为尿血吸虫病的主要原因[13]。
准确识别中间蜗牛宿主的需要对于准确的流行病学研究和血吸虫病的控制至关重要,也有助于制定新的有效控制策略[14]。
蜗牛分类主要依靠形态标准。然而,仅根据形态学就正确识别布林努斯蜗牛的物种水平可能具有挑战性[15,16]。它还需要大量的专业知识,以及未损坏的标本和具体文件。除了识别蜗牛物种的形态学方法外,还使用了分子方法,如对蜗牛的内部转录空间器2区域(ITS2)和细胞色素c氧化酶子细胞I基因(COI)进行测序。然而,分子方法由于耗时和运行成本相对较高而受到限制。GenBank 中缺乏参考序列也可能妨碍其使用。
在过去十年中,MALDI-TOF MS(矩阵辅助激光脱氧/电导飞行时间质谱)通过允许快速准确地分类许多微生物(寄生虫、真菌和细菌)[19]26],彻底改变了临床微生物学。最近,MALDI-TOF MS已成为昆虫学的可靠研究工具,因为它已经成功地应用于几个血友病节肢动物使用特定的身体部位[27]29]。据我们所知,这种创新工具首先用于识别扇贝[30],但它尚未用于识别具有医学重要性的蜗牛。因此,本研究的目的是评估这种蛋白酶工具的效率,用于鉴定冷冻和乙醇储存的蜗牛标本,包括参与血吸虫传播的物种。
方法
道德声明
这项研究已得到桑特国家委员会的批准,编号:000017/MSAS/DPRS/CNERS。日期: 2018-03-15.
蜗牛
蜗牛是在塞内加尔血吸虫病流行地区采集的。这项研究于2018年至2019年在尼亚哈尔和理查德·托尔(图1)进行。理查德·托尔是塞内加尔河南岸的一个小镇,位于北纬16°27和西经15°42之间。日平均气温为 29°C,平均温度在最低 22°C 和最高 36°C 之间变化。 最下雨的月份是7月、8月和9月。尼亚哈尔(北纬14~30度,东纬16度30分)是一个农村地区,位于塞内加尔中部,首都达喀尔以东135公里处。它位于萨赫勒-苏丹气候地区,12月的气温从24°C到6月的30°C不等[
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图1。塞内加尔地图显示从塞内加尔的两个地点收集的蜗牛收集地点和淡水蜗牛清单。
(一) 塞内加尔地图,显示样本收集的地点。"R"是指在理查德·托尔收集的物种:比农法利亚·普费费里(239),布利纳斯·特伦卡图斯(127),莱姆纳亚·纳塔伦西斯(38岁),梅兰诺德斯·图布拉塔(37岁),贝拉米亚单色(20岁),克利奥帕特拉暴食症(1)。"N"是指在尼亚哈尔收集的布利努斯·塞纳西斯(68岁),形态上是确定的。(二)显示在分子上确认的淡水蜗牛壳:布。福斯卡利(A),布。特伦卡图斯(B), M.块状结块(C),是.单色(D), L.纳塔伦西斯(E), C.暴食动物(F) 和Bi.菲费里(G) 。本研究中使用的地图不受版权保护。塞内加尔地图:2021年 QGIS.org。QGIS地理信息系统。QGIS 协会。http://www.qgis.org.-医学论文发表
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在理查德·托尔,在塞内加尔河的陶埃伊河道进行了蜗牛取样,而在尼亚哈尔,蜗牛是从临时池塘中收集的。蜗牛是从水生植物、枯叶和树枝以及水中任何固体物体中收集的。回收的蜗牛随后被运到实验室,用预先标记的塑料容器识别收集点(地点名称、收集日期)。然后,他们被冲洗,以清除泥浆,并被计算在内。受抽样个体的分类状态由显微镜(蔡司Axio Zoom.V16,蔡司,马里勒罗伊,法国)在物种水平上使用基于蜗牛壳形态的识别键[32,33]进行评估。然后,每个被识别的蜗牛被放置在一个装有10毫升过滤水的玻璃管中,并暴露在电灯下30至40分钟,作为血吸虫宫颈脱落测试的一部分[34,35]。阴性个体在实验室中饲养,直到获得成年后代,其中一些随后被保存在-20°C(实验室饲养的蜗牛)进行蛋白菌学和分子学研究。此外,还使用了从现场收集并储存在-20°C或70%v/v乙醇中的蜗牛的第二个样本。研究还使用了第一代冷冻实验室饲养的蜗牛标本。蜗牛标本被小心地运送,以确保它们在前往我们位于法国马赛的实验室进行蛋白菌学和分子学研究的途中完好无损。
马尔迪-托夫MS协议优化
冷冻蜗牛标本。
在保存在-20°C的100个标本中,毕。菲费里(n = 15),布.特伦卡图斯(n = 13) 和布。塞内加尔 (n = 3) 用于 MALDI-TOF MS 协议开发,其中包括五个经过测试的协议。蜗牛的壳被小心地取出,蜗牛被解剖在莱卡ES2立体显微镜10x/30x下,使用新的无菌刀片来取回脚和头部。蜗牛的脚被选为 MALDI-TOF MS 协议优化,因为它被说成是蛋白质比其他组织[36]的良好来源。解剖的部分被连续冲洗70%乙醇,然后蒸馏水2分钟,并在无菌过滤纸上干燥,用于MALDI-TOF MS分析。其余部分保存在-20°C的分子生物学和补充分析。
我们只使用两个身体部位(头部和/或脚)测试了五种不同的方案,在由 70% (v/v) 富酸 (西格玛-奥尔德里希) 混合 (50/50) 组成的萃取溶液中均质, 法国里昂)和 50% (v/v) 丙酮三叶虫 (弗卢卡, 布克斯, 瑞士), 根据以前描述的标准化自动化设置[37+39]。这些协议之间的区别不仅在于所用的身体部位,而且在于提取溶液体积(30 μl 或 40 μl)和均质化方法:玻璃珠≤ 106μm(西格玛奥尔德里希,圣路易斯,密苏里州,美国)或钨珠(德国希尔登的 Qiagen GmbH)(表 1)。所有制剂均匀使用组织Lyser II设备(德国Qiagen),优化参数(三个1分钟周期,频率为30Hertz)[37]。最初根据物种内可重复性、光谱强度≥ 3.000 任意单位 [a.u.]、MS 峰值数和协议的简单性对协议进行评估。测试的不同协议有几个变量,包括提取溶液的体积,以便选择蛋白质提取的最佳体积、同质化珠、蜗牛使用的部分和蜗牛物种。有关协议的所有信息都汇总在表1中。最后,我们在剩余的蜗牛样本上应用了优化的协议,试图验证选定的协议。
表1。所有示例存储条件的协议列表和优化参数。
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乙醇储存的蜗牛标本。
专门为乙醇储存样品制定了第二个协议。在保存在乙醇中的84个标本中,有13个用于协议优化。每只解剖的脚在蒸馏水中冲洗两次,然后在37°C下在夜间干燥,然后同质化,以去除先前描述的任何乙醇[40]。然后比较了三个协议,其中我们改变提取溶液或研磨剂(玻璃珠≤106μm或钨珠)的数量,用于准备蜗牛样品。所有协议均在表1中描述。同质化的方式与上述冷冻标本相同。
目标板和 MALDI-TOF MS 设置上的样品加载
所有同质体均以 2.000 克离心 30 秒,每种超高分子的 1 μl 在四倍体的钢制目标板 (布鲁克道尔顿奇) 上被发现。由饱和α-氰酸-4-羟基辛酸(西格玛,里昂)组成的CHCA基质悬浮物的一微小片。法国),50%丙酮酸(v/v),2.5%三氟乙酸(v/v)(奥尔德里希, 多塞特,英国)和HPLC级水[38,40,41]被直接发现在目标板上的每个样品,以允许共同结晶,然后在室温下风干,然后插入MALDI-TOF MS仪器(布鲁克道尔顿尼奇,德国)进行分析。质谱分析是使用微反射 LT MALDI-TOF 质谱仪 (布鲁克道尔顿奇机) 与 Flex 控制软件 (布鲁克道尔顿学) 进行的。测量在线性正离子模式[26]中执行,质量范围为 20 kDa。每个光谱对应于从同一地点的六个区域进行的240次激光射中获得的离子。频谱配置文件使用 Flex 分析(3.3 版)可视化,然后导出到生物造型器版本 3.0 软件和 ClinProTools v.2.2 进行分析。
光谱分析和创建参考数据库
综合相关索引 (CCI) 工具 (MALDI-生物型 v3.0. 软件 Bruker Daltonics) 用于根据测试的协议(如前所述[42]评估每个样本组中的光谱变化。CCI 是使用质量范围 3000 到 12000 Da、分辨率 4、8 间隔和自动录制相关的标准设置进行计算的。较高的相关值(按平均值表示±标准偏差 [SD])反映了 MS 光谱的可重复性较高(CCI 匹配值 1 表示完全相关,而 CCI 匹配值 0 表示没有相关性)[42]。使用克林ProTools v.2.2软件对MS峰值和头部和脚部的强度计算进行了分析。
· 从蜗牛物种获得的频谱配置文件通过 Flex 分析 v.3.3 可视化,然后导出到 ClinProTools v.2.2 软件包(德国布鲁克道尔顿奇)进行数据处理(平滑、基线减法)[37,43]。通过比较和分析从每个蜗牛标本的四个点获得的光谱剖面,评估了物种内可重复性和物种间特异性。与同一类别的其他 MS 光谱相比,通过评估其强度、峰值的平滑度、基线的平整度及其可重复性来验证频谱质量。分析中排除了质量差的 MS 光谱(< 3.000 任意单位[a.u.,背景噪声的存在)。使用 MALDI-生物型软件 v.3.0 进行登德罗格拉姆,从不同物种的标本(质量光谱的分层聚类)中可视化 MS 光谱的异质性水平。为了评估存储方法对MS光谱质量的影响,比较每个物种的4个样本的MS光谱(Bi.菲费里,布.特伦卡图斯,布.福斯卡利)保存在乙醇或在-20°C使用MS登德罗格(MALDI-生物造型器v.3.0)和主要组件分析(ClinProTools软件)执行。这些 MS 光谱还计算了峰值强度的平均值和峰值数。从乙醇中保存的每个物种或在-20°C保存的优质MS光谱(高峰值强度和可重复性)被选择,并在明确分子识别后添加到数据库中。研究的设计总结在图2所
图2。Flowchart 显示研究设计以及从第一和第二场收集 [2018]2019 年收集的所有样本以及研究中每个步骤中用于的样本。
研究设计分为三个部分:(A) 协议优化、(B) 数据库创建和 (C) 盲测试验证。提到了田间和实验室饲养的淡水蜗牛的数量和种类。
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用于学习验证的盲测试
这项研究通过盲测试(MALDI-生物造型软件诉3.0,布鲁克道尔顿学)使用冷冻和乙醇储存的蜗牛标本进行验证,但用作MS参考光谱的除外。结果以日志评分值 (LSV) 表示,该值对应查询与 MS 参考光谱之间的同源度。此值的范围从 0 到 3。在四个点中 LSV 值最高的频谱被选为有效标识[40]。
蜗牛的DNA提取和分子研究
剩下的每只半蜗牛身上都用蒸馏水冲洗,然后用无菌滤纸干燥。基因组DNA是根据制造商的建议使用EZ1DNA组织试剂盒(Qiagen)提取的。每个蜗牛样本在 180 μl G2 裂解缓冲液(德国齐根希尔登)和 20μl 蛋白酶 K(德国齐根希尔登)的 56°C 下在一夜之间孵育。然后使用EZ1生物机器人提取装置(德国基亚根·希尔登)进行DNA提取。每个样本的基因组DNA被提取了100μl的Tris-EDTA缓冲器(Qiagen),并保存在-20°C用于分子分析。为了对蜗牛物种进行分子鉴定,从用作MS参考光谱的标本中获得的DNA样本在自动DNA热循环器中受到标准PCR(应用生物系统,2720,美国福斯特市)。两个基因(COI,16S)被部分测序。 使用福尔默的通用COI条形蛋白酶(LCO1490)放大了细胞色素c氧化酶亚细胞I基因(COI)的710基对区域。 HCO2198 [44]和16S, 16Sar-L 和16Sbr-H 底漆用于瞄准 550 bp 的16S基因[45]。放大的产品在 1.5% 的玫瑰凝胶上进行可视化,然后使用马赫里纳格尔(NucleoFast 96 PCR,德国德伦)板进行纯化。测序使用 BigDye 终结者 v1.1、v3.1 5x 测序缓冲区(英国沃灵顿应用生物系统)进行,并在自动测序器上运行。序列色谱使用色度 Pro1.77(澳大利亚特万廷技术有限公司)进行组装和编辑。获得的序列用于通过国家生物技术信息中心 (NCBI) GenBank 数据库进行 BLAST 搜索[46],然后使用 (MEGA7)[47]对齐。使用最大可能性方法构建和编辑了一棵噬菌体树,模型选择分别由 MEGA7 和 FigTree 1.4.2 确定[48,49]。通过对1000次迭代进行引导来评估对树木内部分支的统计支持。
血吸虫感染的分子筛查
使用引物(Smcyt748F-Smcyt847R)和针对S的COI序列的探针(Smcyt785T FAM)对乙醇保存的标本进行了筛选,以寻找寄生虫的存在。曼索尼[50]。S的重复DRA1序列。血红素(Shpcr) 使用引物 (Sh - fw 和 Sh - rv)[51]和 Cnops[52]的探头放大。使用 CFX96 触摸检测系统(法国马内斯-拉科特的 Bio-Rad)与光循环探测器大师(印第安纳波利斯,美国)一起对提取的 DNA 进行了定量 PCR 测试。我们的 qPCR 反应组合包括 5 μl DNA、10 μl 主混合、3.5 μl 无菌蒸馏水和 0.5 μl 每个引物和探头。对于每个 qPCR 板,均使用负控和正控。血吸虫病和S.以前从感染这些物种的蜗牛那里获得的曼索尼被用作正控,而负控制由20微升的qPCR反应组合组成,没有任何DNA。
结果
蜗牛的形态识别
在塞内加尔,共收集了530个淡水蜗牛标本(从2018年至2019年),形态上被确定为Bi。菲费里(n = 239),布.特伦卡图斯(n = 127),布.塞内加尔 (n = 68), L.纳塔伦西斯(n = 38), M.块状管(n = 37),是.单色(n = 20) 和克利奥帕特拉暴食症(n = 1) 。此外,89个实验室饲养的标本,包括Bi。菲费里(n = 31),布.特伦卡图斯(n = 30) 和布。塞内加尔(n = 28)也用于这项研究。每个物种的照片都以图1的形式呈现。
冷冻标本的马尔迪-托夫MS协议标准化
蜗牛MS配置文件从三个标本的毕。使用基于光谱质量的弹性分析对每个协议的pfeifferi进行了比较。通过目视检查,由协议 H2 生成的 MS 光谱(头, 玻璃珠和 40μl 混合)、协议 FH(脚头、玻璃珠和 30μl 混合)和协议 F(脚、玻璃珠和 30μl 混合)的质量高于协议 H3(头部、玻璃珠和 30μl 混合)和协议 H1(头、钨珠和 40μl 混合)(图 3A)。使用无人监督的统计测试(PCA,ClinProtools 软件)对 MS 配置文件进行视觉比较后发现,H2、FH、F 对应的 MS 光谱点与 H1、H3 (图 3B)的点分开。使用ClinProtools,PC1、PC2 和 PC3 对配置文件生成的贡献百分比中所解释的方差图大致分别为 38.18%、16.81% 和 11.36%,如下S1 图所述。为了给分析带来更稳健性,使用 CCI 矩阵对每个协议的 MS 光谱可重复性进行了对象化。与其他协议相比,H2 协议(平均±SD:0.88±0.08)和协议 F(平均±SD:0.84±0.13)获得了最高的 CCI (图 3C)。对应头部(H2)和(F)的MS峰值数和标本强度的比较表明,Bi产生的MS峰的平均强度和数量。pfeifferi头(平均强度:224.0342,MS 峰值数:87)高于从脚生成的峰值数(平均强度:173.0325,MS 峰值数:74)(S1 表)。为了进一步的MALDI-TOFMS分析,我们选择了协议F,因为脚通常窝藏寄生虫,并可能用于检测血吸虫病。-医学论文发表
·
图3。比较马尔迪-托夫MS光谱的毕。pfeifferi使用不同的协议 (H: 头, Fh: 脚头, F: 脚) 。
(A) 代表来自毕的MS光谱。菲费里头 (H1, H2, H3), 脚头 (Fh) 和脚 (F) 。(B) 马尔迪-托夫MS光谱区别于毕。使用克林普罗图尔斯 v.2.2 的主要组件分析对协议之间的pfeifferi;协议 H1 (40μl 混合? 钨珠)、协议 H2 (40μl 混合? 玻璃珠)、协议 H3 (30μl 混合? 玻璃珠)、协议 FH (30μl 混合? 玻璃珠) 和协议 F (30μl 混合? 玻璃珠)。(C) 使用复合相关索引 (CCI) 评估五个协议产生的 MS 光谱可重复性。MS 参数:强度≥ 3.000 [a.u.]、没有背景噪声和 MS 光谱的可重复性。a.u.:任意单位:m/z: 质量与电荷比率。选择协议 F 来构建 MS 参考数据库并执行分析。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.g003
冷冻蜗牛物种的MS鉴定
为了评估物种内的可复制性和物种间特异性,随机挑选了186个冷冻蜗牛标本中的127个,包括Bi。菲费里(n = 40),布。特伦卡图斯(n = 30), M.块状图库拉塔(n = 23), L.纳塔伦西斯(n = 20),是.单色(n = 13) 和C.暴食症(n = 1) (图 2)。74/89 属于Bi的实验室饲养的标本。菲费里(n = 31),布.特伦卡图斯(n = 30) 和布。塞内加尔(n = 13) 也用于马尔代 -TOF MS 分析使用选定的协议 F (图 2)。在2至20千达的质量范围内,每个蜗牛物种的MS光谱被证明具有特定的强信号强度(图4A)。每个蜗牛物种的五个标本的MS蛋白质配置文件被随机选择,并用于创建一个登德罗格拉姆(图4B)。群集分析报告说,每个物种的MS特征(有确认的DNA序列)都有特定的光谱指纹,因为同一物种的标本聚集在同一分支中。然后使用 MALDI-生物造型器 3.0 创建数据库,并升级为高质量的 MS 光谱。为了确定MALDI-TOF MS是否是区分MS型材物种的有效方法,对数据库进行了166个标本的查询,其中包括7个分子鉴定物种:Bu。特伦卡图斯(9),比.菲费里(6),布.福斯卡利(4),贝.单色(2), L.纳塔伦西斯(3), M.块状管(2) 和C.暴食症(1) 。对数据库的盲目测试显示,所有标本(100%)在物种水平与LSV分数在1.746至2.748之间,这是在图4C和表2显示正确识别。日志得分值的中位数为 2.362,LSV 的平均值为 2.313 ±0.238。蜗牛 MALDI-TOF MS 数据库可公开访问,可下载以下 DOI 编号:https://doi.org/10.35088/f605-3922。
下载:
,识别分子使用COI。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.t002
乙醇储存标本的马尔迪-TOF MS协议标准化
生物淋巴法菲费里脚用于每个协议,并提交给马尔迪-托夫MS分析。与协议 F3 相比,F1 和 F2 协议都产生了低质量(强度和可重复性)的 MS 光谱。主要组件分析PCA(图5A)揭示了协议F3和协议F2和F1之间的明确区别:显示协议 F3 的 MS 光谱明显优于协议 F1 和 F2 获得的 MS 光谱(高峰值强度)。使用ClinProtools,PC1、PC2 和 PC3 对配置文件生成的贡献在所解释的方差的百分比图中分别为 35.65%、26% 和 17.39%,如下S2 图所述。
图5。从乙醇储存标本脚下比较马尔迪-托夫MS光谱。
(A) 使用ClinProTools诉2.2对三种不同方案进行马尔迪-托夫MS光谱比较:协议 F1 (30μl 混合? 玻璃珠)、协议 F2 (30μl 混合? 钨珠) 和协议 F3 (15μl 混合? 玻璃珠)。(B)代表毕女士的光谱。通过 Flex 分析分析,每个协议都获得了pfeifferi。(C)比的等级聚类登德罗格。菲费里,布.特伦卡图斯,布.格洛博苏斯,布.福斯卡利和布。由生物造型软件 v.3.0 执行的塞内加尔。(D) 代表马尔迪-托夫·梅斯档案。菲费里,布.特伦卡图斯,布.格洛博苏斯,布.福斯卡利和布。使用协议F3,使用弹性分析软件执行。a.u.:任意单位:m/z: 质量与电荷比率。x 轴表示 PC1,y 轴表示 PC2。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.g005
使用 Flex 分析进行的光谱配置文件分析表明,协议 F3 中的 MS 光谱质量良好,但有些标本显示配置文件略有不同(图 5B)。160个标本中有80个用于验证协议F3(图2)。在Flex分析分析的80个MS光谱中,有57个MS光谱质量良好。集群分析(图5C)表明,随机选择的标本从物种Bi。菲费里(n = 4),布。特伦卡图斯(n = 3),布。格洛博苏斯(n = 3),布。福斯卡利(n = 3) 和布。塞内加尔人(n = 1)被归为一组。毕的MS配置文件。菲费里,布.特伦卡图斯,布.格洛博苏斯,布.福斯卡利和布。塞内加尔在图5D中呈现。因此,创建了一个特定的数据库,包括十七个MS光谱:Bi。菲费里(n = 9),布。特伦卡图斯(n = 4),布。福斯卡利(n = 2),布。格洛博苏斯(n = 1), 和布。塞内加尔(n = 1),其余40个MS光谱用于盲测试(表3)。在40个标本中,22/22个比。菲费里, 3/10布.特伦卡图斯, 4/6布.福斯卡利和2/2布。在物种水平(77.50%)正确识别球体。他们的LSV范围从1.705到2.529(表3)。主要成分分析(S3 图) 揭示了在 -20°C 或乙醇中保存的同一物种标本的 MS 光谱之间的明确区别。使用登德罗格对两种储存条件的MS光谱比较也表明,每个物种的冷冻标本的MS光谱(Bi.菲费里,布.特伦卡图斯和布。福斯卡利)与同一物种的乙醇储存的MS光谱(S4图)分开聚集。因此,对于每个储存条件,需要一个特定的数据库,以便正确识别每个物种的冷冻和乙醇储存标本。平均光谱强度和毕的MS峰值数。菲费里,布.特伦卡图斯和布。福斯卡利的冷冻标本比同一物种的乙醇储存标本高。所有获得的MS光谱强度值和MS峰值数均在S3表中显示。在获得的登德罗格拉姆(S4图),我们注意到,冷冻标本的MS光谱是如此不同于同一物种的酒精,他们被放置在另一分支完全不同于冷冻的,在某些情况下,他们是如此不同,他们更接近另一个物种。特别是,在这种情况下,冻结布。特伦卡图斯MS光谱更接近布的MS光谱。福斯卡利。因此,这反映了这两个存储条件之间的深刻差异。
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表3。乙醇储存蜗牛标本的鉴定结果,包括病原体检测结果。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.t003
蜗牛的分子识别
选定了27个样本用于数据库创建。我们利用COI基因成功获得27个不同物种的高质量序列:9个Bu。特伦卡图斯, 6比.菲费里, 4布.塞内加尔, 3 L.纳塔伦西斯, 2是.单色, 2M.块状和1 C。暴食者。NCBI BLAST分析表明,蜗牛形态上被确定为Bi。菲费里(ID 分数 100%: AF199099.1),布.特伦卡图斯(ID 得分 100%: MT272328.1), L.出生(ID 分数 99.32%: HG977206.1), M.块状图拉塔(ID 分数 96.13%: MK879274.1) 与 GenBank 中可用的各自同源序列相匹配。然而,从蜗牛获得的序列,已经形态识别为Bu。塞内加尔与存入根银行的序列更密切相关。福斯卡利序列(ID 分数 99.09%:AM286310.4)。 还应指出,从从形态识别的蜗牛获得的序列是。单色与 Genbank 中可用的序列匹配, 如贝拉米亚毛细支 (ID分数 97.04%: Jx489247.1) 。获得的C序列。暴食类(Morelet,1860 年)与C的 GenBank 参考序列匹配,标识为 89.63%。暴食源产于埃及(KF412769.1)(表2)。
对于乙醇储存的标本,我们获得了属于生物花蜜和布利纳斯属物种的24个标本的COI序列:17个用于数据库创建,其余标本(n = 7)用于形态识别的验证。全部九个 Bi。菲费里被正确识别 (ID 分数 100%: AF199099.1) 。在9个标本中,形态上被确定为布。特伦卡图斯:八个序列匹配布。存入GenBank的特伦卡图斯序列(ID评分100%:MT272328.1),一个序列被确定为Bu。格洛博苏斯(ID 分数 100%: AM921808.1).至于从形态上鉴定为布的标本。塞内加尔,六个序列获得:一个序列匹配布。塞内加尔(ID评分100%:KJ157485.1)和其余五个序列与Bu密切相关。福斯卡利(ID 分数 99.09%: AM286310.4) (表 3)。
根据COI片段序列(图6)建造的植物遗传树突出了7个物种的COI序列(Bi。菲费里,布.特伦卡图斯,布.格洛博苏斯,布.福斯卡利,布.塞内加尔, L.纳塔伦西斯和M.块状管)与 GenBank 中可用的同源序列聚类, 具有较高的引导值。贝拉米亚单色序列与贝。毛细子序列,而C。暴食类化合物分别聚集在一起,形成了一个独特的分支。为了确认两个标本的分子鉴定,已形态鉴定为贝。单色和C。暴食者,16S基因的片段被测序。爆炸结果表明,贝序列。单色(n = 2) 与贝拉米亚杰弗里西序列 (ID 范围分数 96.85×97.03%: FJ405702.1) 和C序列匹配。暴食症(n = 1) 被指定为克利奥帕特拉 · 约翰斯通 (ID分数 95.71%: Kf412769) 。这些结果(S2表)显示,在物种水平上,第二个基因(16rRNA)的鉴定仍不清楚。所有序列(COI和 16rRNA)都存入 Genbank,所有 FASTA 序列均可在S1 数据中提供。
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图 6.植物遗传树显示九种的位置(Bi.菲费里,布.特伦卡图斯,布.福斯卡利,布.塞尼森西斯,布.格洛博苏斯,贝.单色, M.块状结块,L.纳塔伦西斯和C.暴食者) 。
该树是使用基于木村2参数距离(MEGA7)的最大可能性方法建造的。分支上的值是基于 1000 个复制的引导支持值。分支根据引导值进行颜色编码。每个分类器的身份是颜色编码的,符合物种。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.g006
乙醇储存蜗牛血栓的检测
我们执行了检测S的 qPCR。曼索尼和S.血小虫物种复杂。八十只蜗牛标本属于毕。菲费里(n = 41),布.特伦卡图斯(n = 26) 和布。对塞内加尔人(n = 13)进行了筛查。在乙醇储存蜗牛测试中,4/39(10.25%)布利纳斯(1布)。塞内加尔和3布。特伦卡图斯)被 qpcr 对S表示积极。血氧和1/41(2.43%)比。菲费里对S是积极的。曼索尼(表3)。根据对属于毕的受感染和未受感染标本的MS光谱的比较,确定感染状态。菲费里,布.特伦卡图斯和布。由于受感染标本数量少,没有进行塞内加尔病。
讨论
本研究通过优化冷冻和乙醇保存标本的 MALDI-TOF MS 样品制备协议,为淡水蜗牛标本(包括血吸虫的中间宿主)的常规鉴定提供了快速、低成本和可靠的方法。最近,MALDI-TOF MS技术在医学昆虫学中出现,并在识别跳蚤等各种节肢动物方面证明了其有效性[29],虱子[27,53]56], 沙蝇[57,58], 蚊子[28,59]63], 丘利酮[43],采采蝇[64],三原子矿[65]和臭虫[66]使用从不同身体部位提取的蛋白质, 产生高质量的 MS 光谱。此外,这种蛋白化方法也适用于病理学作为斯蒂芬等人。是第一个报告马尔迪 - 托夫 Ms 用于识别海洋双壳软体动物, 特别是扇贝[30]。-医学论文发表
MS光谱的质量受到几个参数的影响,如存储条件、用于蛋白质提取的提取溶液体积的调整、研磨方法和选定的机身部分[38]。在研究的第一步,我们测试了两种干扰物:钨珠和玻璃珠在以前的 MALDI-TOF MS 研究中被证明是有用和有效的磨削方法[38,40,66,67]。然而,据报道,玻璃珠是最常用的干扰物,因为它们被用于各种节肢动物识别[39,40,66],用于分枝杆菌鉴定,破坏分枝杆菌细胞壁[68,69],以及真菌识别,因为它们比钢珠最有效的真菌蛋白提取[70]。玻璃珠似乎也最适合蜗牛样本同质化,因为它们为蜗牛物种提供了可重复和强烈的MS光谱。至于基质制备,我们使用α-氰-4-羟基辛酸,已经成功地用于几个节肢动物识别[27,40,42,66]。此外,它还展示了其在临床微生物学方面的表现。特别是,许多微生物的识别,如分枝杆菌,细菌,酵母菌和真菌[71]74]。此外,使用此矩阵足以产生不同蜗牛物种高品质的MS光谱。因此,我们验证了使用α-氰酸-4-羟基辛酸进行基质制备。否则,我们会测试不同的酸作为新浪酸,以防我们未能得到良好的信号与最佳分辨率。使用这种矩阵制备和玻璃珠之前已经显示了其性能和稳健性在不同的条件下[39,40,68]71]。因此,在目前的工作中,基于α-氰-4-羟基辛酸的玻璃珠和基质的结合揭示了淡水蜗牛鉴定的可喜结果。此外,我们还标准化了冷冻标本的协议。两个身体部位,头部(H)和脚(F),以及脚和头(FH)的组合提交马尔迪-TOF MS分析,以便获得每个物种的特定光谱签名。研究结果表明,从蜗牛脚(F)、头(H)和脚头(FH)蛋白质提取物中获取的MALDI-TOF MS光谱足以准确识别参与血吸虫病传播的淡水蜗牛。协议验证仅使用脚确认。确切地说,我们选择脚进行样品制备有两个原因,第一,血吸虫的主要孢子一般发生在脚部:第二,据报道,与其他蜗牛组织相比,这种蜗牛的身体部位是一个很好的蛋白质来源[36,75]。比峰产生的强度和数量。用于协议优化的 pfeifferi英尺(S1 表) 略低于用于协议验证的 pfeifferi脚 (S3 表) 。这可以解释为,第一次纵的样品必须冷冻和解冻多次,以验证形态识别和 MALDI - TOFMS 论文。频繁解冻可能是蛋白质降解的原因。瓦尔蒂等人也提出了同样的意见。(2020)[76]。萃取溶液的体积是具有优质MS光谱的重要参数,正如先前在节肢动物[39,77]上报告的那样,萃取溶液体积因节肢动物而异,从同一节肢动物的一部分到另一部分不同。因此,我们改变提取溶液的体积,以便选择允许获得良好质量和可重复的 MS 光谱的体积。在我们的工作中,提取溶液体积的优化并非基于蜗牛的脚和头组织的重量。然而,为了更精确,在未来由 MALDI-TOF MS 检测中间宿主内部血糖体的项目中,考虑蜗牛脚组织的重量来完善协议至关重要。总的来说,在我们的研究中,我们表明,对蜗牛脚组织的MALDI-TOF MS分析能够正确识别物种水平,而不需要任何疾病学技能。
集群分析 (图 4B) 突出了蜗牛物种与 MS 配置文件 (图4A)的视觉比较之间的区别,揭示了物种之间的歧视性峰值。为了创建数据库,我们使用第一代实验室培育的标本,以确保我们数据库中包含的MS光谱属于未受感染的蜗牛标本[78,79]。此外,通过盲目测试评估数据库的有效性,其中100%的6个物种的标本被正确识别(表2)。然而,没有足够的C。可用于盲目测试的暴食体标本。该物种的鉴定只是从形态上确认为C。暴食症,因为没有参考序列存在在GenBank为C。暴食类(莫雷特,1860年)起源于塞内加尔。根据壳体形态,C.据报道,暴食类动物是多型和高度多样化的物种,包括几个同义词[33]。
在我们的研究中,LSV切断1.7是为了准确识别几种淡水蜗牛的物种水平。在一项使用 MALDI-TOF MS[25]鉴定宫颈的研究中使用了类似的截止值。许多其他昆虫学研究都使用了一个紧密可比的截止点(1.8),这证明与蚊子、跳蚤和虱子的正确识别有关[28、29、41]。
我们在塞内加尔进行的分子鉴定和形态鉴定之间取得了一些差异。事实上,四个序列的标本形态上被确定为布。塞内加尔与存入根银行的序列的关系更为密切。福斯卡利序列 (ID 分数 99.09%)。这可以解释为在福斯卡利组(布)内有限的形态独特性。塞内加尔和布。福斯卡利)[80]。根据对美高病学的分析,据报道,分离该物种可能并不容易。。塞内加尔和布。福斯卡利)单单在壳特征上, 尽管它们非常相似 [80]。事实上,布。塞内加尔可以区别于布。福斯卡利由于缺乏任何结肠形成肩部的上部谁[32]而曼达尔-巴特指出,这种独特的肩角并不总是发现在布福斯卡利:它要么缺席, 要么昏厥, 这使得它不容易被观察[81]。
为了用明确识别的标本的MS光谱升级数据库,我们使用线粒体细胞色素氧化酶亚细胞I基因,根据以前的分子研究报告,COI基因呈现相当大的不同序列,使其可靠,以歧视布林努斯物种[82,83]。先前的研究表明,这些形态相似的物种通过分子方法进行区分,表明瞄准部分COI基因以准确识别同一组(18]中的物种)的优势。COI序列也可用于两个物种(布。福斯卡利和布。塞内加尔)在 GenBank 数据库中。根据COI基因的片段,我们确认该物种在形态上被鉴定为Bu。塞内加尔人其实是布。福斯卡利。
此外,对于形态识别的Be样本。单色,我们发现与分子识别的差异。二是.单色序列与Be匹配。存放在 GenBank 中的毛细管序列(ID 得分 97.04%)。此前有报道称,将贝与贝分开是具有挑战性的。来自贝的毛细塔。单色形态[33]。误认可能是由于壳体的重叠特征,这在贝拉米亚物种中可能相当可变[84]。根据形态学,我们确认我们的贝拉米亚标本是。基于正式识别的壳体特征的单色。据我们所知,要.到目前为止,在塞内加尔从未发现过毛细管,但在东部(坦桑尼亚)和中非国家(85,86)都存在毛细管。为了解决形态学和分子识别之间的不和谐问题,我们利用16S rRNA基因作为物种验证的第二参考。BLAST结果表明,标本的序列形态上指定为C。暴食者与C.约翰斯通尼相配,身份为95.71%。这可以解释为C.暴食类动物是一种变化很大的物种[33]和C。我们研究中使用的暴食类生物(原产于塞内加尔)在GenBank中不可用。这种高度多样化的物种的共性需要在进一步的研究中从基因上加以分析[33]。相比之下,标本的序列形态上被确定为Be。单色匹配贝。杰弗里西(ID 范围得分 96.85+97.03%: FJ405702.1).如前所述,由于缺乏关于其进化分类学的数据,维维帕里德物种的分类受到了损害,这导致物种水平(86,87)的识别存在差距。此外,先前对从非洲不同湖泊采集的贝拉米亚物种的遗传多样性和植物基因进行的研究表明,16S和COI的遗传多样性在包衣变异中都非常低。这项研究还报告说,使用DNA条形码对位于非洲湖泊的贝拉米亚物种的特征是不够的,因为分子发散比形态发散[86]要小。因此,我们支持森古普塔等人的结论。和曼达尔-巴特[32] 基于形态学, 并确认使用美高螺标准识别贝拉米亚单色物种。在这里,我们还提出了关于分子工具的可靠性问题,用于识别贝拉米亚物种。在研究的第一部分,我们表明MALDI-TOF MS是识别不同冷冻蜗牛物种的可靠工具。它可以用来规避分子限制,如样品制备所需的长时间,高成本试剂,甚至缺乏参考数据。
在研究的第二步,我们评估了MALDI-TOF MS在识别三个蜗牛物种的效率:Bi.菲费里,布.塞内加尔和布。田里收集并储存在乙醇中的特伦卡图斯。乙醇的使用至关重要,因为大多数分析实验室都远离收集地点,而且众所周知,乙醇是理想的储存方法,特别是在低收入或中等收入国家。此外,它比冷冻方法便宜,并保存标本灵活,允许以后的形态研究。然而,先前的研究表明,与储存在酒精中(41,88)的标本相比,使用冷冻和新鲜标本节肢动物提供了可重复和更好的MS光谱,可能是由于乙醇导致蛋白质结构的改变[89]。然而,最近有证据表明,这些限制可以通过应用交易可操作化协议来规避,该协议现在是我们的实验室参考协议[40]。在这项研究中,我们使用相同的身体部位(脚)来识别冷冻标本,并遵循迪亚拉等人提出的交易定制步骤。[40]作为从足部组织中注入任何残留酒精的一种手段, 可能会干扰随后的 MALDI-TOF MS 样品制备。需要注意的是,当我们使用玻璃珠作为干扰剂时,MS 配置文件的质量更好,而钨珠则导致 MS 光谱质量低。因此,我们验证玻璃珠是乙醇储存样品中断的最合适方法(图5A)。酒精保存标本(表3)的盲目测试结果显示,22/22的Bi。菲费里,布的4/6。福斯卡利, 2/2的布.格洛博苏斯和只有3/10的布。用可靠的 LSV 正确识别了Truncatus (LSV ≥ 1.7)。这可以归因于在盲测试中测试并用于创建数据库的标本数量有限。我们同意先前的研究报告乙醇70%对MALDI-TOF MS光谱的可重复性的影响[90, 91]和每个物种的冷冻和乙醇储存标本的 MS 光谱之间的差异[88]。在研究的这一部分,我们得出结论,MALDI-TOF MS可用于识别储存在酒精中的蜗牛,但它需要建立一个特定的数据库,其中保存了大量乙醇标本,以规避异质性的偏见。另一方面,我们注意到同一物种的冷冻和乙醇储存标本的MS型材水平存在差异。具体来说,平均光谱强度和毕冷冻标本的MS峰值数量。菲费里,布.特伦卡图斯和布。福斯卡利高于储存在乙醇中的同一物种的标本(S3表)。这种差异可能是由于乙醇对MS光谱质量的影响,如以前在乙醇储存的虱子,虱子,跳蚤和宫颈[25,40,53,67,77,88]报告。
为了评估每个物种的MS特征是否异质性是由于血吸虫感染,进行了病原体筛查。不幸的是,我们无法将受血吸虫病感染的蜗牛的MALDI-TOF MS光谱与未受感染的蜗牛进行比较,因为受感染的标本数量不足以为受血吸虫病感染的蜗牛创建特定的数据库,并且还要进行盲测试以验证结果。此外,由于MS优质光谱数量少,无法使用主要成分分析(PCA)进行强有力的分析,以区分受感染和未受感染的标本:毕。菲费里(n = 1),布。特伦卡图斯(n = 2), 和布。塞内加尔 (n = 1) 。鉴于受感染的样本很少,感染不太可能是一般异质性的根源。因此,我们认为有机保存溶液(乙醇)可能负责像其他研究[67,88]之前讨论的那样,对标本进行MS型材修改。雌雄体和血吸虫是利用淡水蜗牛[92]作为中间宿主的两种支架。正如最近的一项研究所述,心机体可以感染一些血吸虫的中间宿主,即布利纳斯和生物旁腺,作为它们的第一个中间宿主[93]。然而,精神分裂体被证明是分裂体的活跃竞争者,限制了后者在蜗牛中定居的能力[94,95]。据特别报道,E.卡普罗尼限制了比的感染。格拉布拉塔由S.曼索尼[96]。在我们的研究中,对属于生物淋巴利亚和布利纳斯的蜗牛标本进行了筛查,以发现存在血吸虫感染,但这些其他寄生虫,如棘肿或寄生虫[93,97]可能会感染同一物种,并可能影响 MS 光谱。在今后旨在开发MALDI-TOF MS以检测蜗牛血糖体的研究中,最好更好地描述标本特征,并确保对通常与被测试蜗牛相关的寄生虫进行彻底调查。然而,目前的研究侧重于马尔迪-TOF MS技术的应用,以确定蜗牛种群,包括在血吸虫病传播中发挥不可或缺的作用的物种。只要 MALDI-TOF MS 协议已经标准化,则有必要评估 MALDI-TOF MS 通过人工感染淡水蜗牛(生物英里或布利努斯)或在血吸虫病流行地区收集蜗牛,以帮助绘制疾病传播风险图或制定长期控制策略来检测中间宿主内的感染能力。
总的来说,这种高通量技术使得能够识别冷冻和乙醇保存的蜗牛标本,与目前的DNA鉴定相比,样品要求最低,结果的快速可用性也最快。
结论
我们的研究首次表明,使用足部蛋白质提取物进行蜗牛物种鉴定以及使用MALDI-TOF MS的密切相关的物种是可能的。我们的数据表明,MALDI-TOF MS 是识别在 -20°C 下保存或储存在乙醇中的若干蜗牛物种的可靠和合适的替代工具,尽管后一种方法确实存在一些局限性。这种高吞吐量的方法是快速,低成本,可用于密切相关的物种属于布利纳斯属,如布利纳斯属。塞内加尔和布。福斯卡利, 这是几乎没有区别的形态。其优点使其成为血吸虫病流行地区流行病学研究的便捷途径。此外,对蜗牛种群的快速识别可为血吸虫病的控制提供宝贵的优势。由于我们的研究实验室中提供一台 MALDI-TOF MS 机器,用于微生物学和昆虫学目的,因此它也将用于未来的病理学调查。因此,我们将继续与我们的研究团队和塞内加尔达喀尔的寄生虫学实验室合作更新我们的MS数据库。最近的一项研究强调了MALDI-TOF MS在快速识别宫颈炎[25]方面的潜力,因此在不久的将来,评估这一创新工具能否成功地将受血吸虫病感染的标本与未受感染的标本区分开来,以便利用这种方法进行地方性监测将是很有趣的。
缩写
贝拉米亚、布利纳斯和比安巴拉里亚的公认缩写为"B"。为了清楚起见,我们选择特别缩写布利纳斯,贝拉米亚和生物英里:布。。,贝,比。分别在这份手稿中更容易区分它们。
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来自PCCA的维度图像表示使用冷冻Bi从五种不同的协议(H1、H2、H3、FH、F)中比较MALDI-TOF MS光谱。菲费里。
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S1 图。来自PCCA的维度图像表示使用冷冻Bi从五种不同的协议(H1、H2、H3、FH、F)中比较MALDI-TOF MS光谱。菲费里。
该图显示了十个主要组件在 PC 解释方差的百分比图中对分析分类的贡献。红点:协议H1,绿点:协议H2,蓝点:协议H3,黄点:FH和紫色点:F。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s001
(蒂夫)
S2 图。来自PCCA的尺寸图像表示从乙醇储存的Bi脚下的MALDI-TOFMS光谱的比较。属于三种不同协议的菲费里标本。
该图显示了八个主要组件在 PC 解释方差的百分比图中对分析分类的贡献。红点:协议F1,绿点:协议F2,蓝点:协议F3。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s002
(蒂夫)
S3 图。马尔迪-托夫MS光谱区别于冷冻和乙醇储存的Bi。菲费里,布.福斯卡利,布.使用克林普罗图尔 2.2 进行主要组件分析。
(A)比.菲费里,(B)布。福斯卡利, (C)布。特伦卡图斯。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s003
(蒂夫)
S4 图。比较马尔迪-TOF MS光谱冷冻和乙醇储存从四个样本的三个物种:Bi.菲费里,布.特伦卡图斯和布。福斯卡利使用登德罗格拉姆 (生物造型软件 v.3.0) 。
冷冻标本在大胆中表示,乙醇储存的标本不在博尔德。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s004
(蒂夫)
S1 数据。16S序列的 Be.单色和C。暴食者。
包括毕在内的九个物种的COI序列。菲费里,布.特伦卡图斯,布.福斯卡利,布.塞尼森西斯,布.格洛博苏斯,贝.单色, M.块状结块,L.纳塔伦西斯和C.暴食者。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s005
(TXT)
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s006
(XLSX)
S1 表。平均强度、MS 峰值数和Bi噪声信号的比较。菲费里头 (H2) 和脚 (F2) 。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s007
(多克克斯)
S2 表。16S部分序列从形态识别为Be的物种中获取。单色和C。暴食者。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s008
(多克克斯)
S3 表。比较每个物种四个标本的平均强度和MS峰值数(Bi。菲费里,布.特伦卡图斯和布。福斯卡利)储存在-20°C和乙醇。
https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009725.s009
(多克克斯)
确认
我们感谢莱昂内尔·阿尔梅拉斯、让-米歇尔·贝伦格、尤尼斯·莱杜迪和哈塞内·梅德库尔的建议。
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